Tujuan Yayasan, sebagi bagian tujuan pendidikan nasional adalah meningkatkan kecerdasan ,pengetahuan , kepribadian ,akhlaq mulia, serta keterampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut.

Tujuan Institusional PONDOK PESANTREN MODERN AL ALAWIYAH BOGOR JL. KH. Muhidin Kp. Bubulak Santri RT 006/04 Kencana Tanah Sareal Kota Bogor adalah Terwujudnya Lembaga pendidikan dengan suasana wiyatamandala yang berakhlakul karimah dalam jalina ukhuwah islamiyah untuk mengatur lulusan kejenjang pendidikan lebih tinggi dan mampu melaksanakan ajaran agama dengan baik dan sesuai dengan aturan-aturan yang digariskan dalam sunatullah dan sunah-sunah Rasulullah serta hidup bersosial dengan masyarakat